Acredito que o Naruto saia vencedor, mas a batalha seria duradoura!
Nas formas base, Mitsuki é ligeiramente mais forte que o Naruto. Mas o Uzumaki poderia sobrecarrega-lo de clones, sendo que enquanto o Boruto faz 4, Naruto fazia 1000!
Caso o Mitsuki na forma base consiga feri-lo e pressiona-lo, o Naruto assumiria a forma olhos da Kyuubi, daí começaria a surra e sem necessidades de clone.
Ai então que o Mitsuki teria que apelar para o modo dragão e utilizar da velocidade para sobrepujar o Naruto que é ligeiramente mais lento.
Então Naruto apelaria para o manto de 1 cauda, e com as mãos de chakra encurralaria o Mitsuki até que o ferisse gravemente...