Não acho que um casamento entre eles iria interferir na posição de Hokage,só facilitaria as coisas pro Jiraya pois ele não precisaria ir atras dela para lhe ofererer o cargo.
O relacionamento deles seria basicamente isso:
Ou talvez pior,considerando que Tsunade quase o matou uma vez e o Jiraya já a ameaçou de morte.Enfim,não rola.