Pelo lado dos Kages, sim, vc tem razão, em 3 deles o nível caiu consideravelmente em relação aos antecessores.
Sobre os ninjas normais, pode ser q tenha razão tbm, mas não pelo combate com os Edos. Vale destacar q os Edo tenseis eram só ninjas de elite, não foi revivido nenhum zé-ruela chunnin. No entanto, o exército é em sua maior parte composto de chunnins. Existe uma diferença de níveis bem clara aí.
A questão vai de seleção natural/ evolução mesmo. Nesse ponto, o Shin tinha razão. Enquanto na época dos estados de guerra, os maluco já lutavam desde 4-5 anos de idade, e lutavam constantemente entre os clãs, em lutas de vida ou morte, é natural q o nível médio dos ninjas daquela época seja mais alto. Depois, na época das vilas, as grandes guerras também treinaram/aumentaram o nível mas vale destacar q a última guerra tinha acabado 17 anos antes. Ou seja, galera q tinha até 25-28 anos na quarta guerra nunca tinha participado de uma.
Mas isso é pro nível geral. Pegando destaques, vários ninjas excepcionais surgiram na geração do Shippuden, então dá uma balanceada.