Basicamente, são só nomenclaturas de níveis usadas aqui no Fórum. No caso, kage-baixo, kage-médio, kage-alto e kage-super são formas de dividir os seres (digo ''seres'' pois nem sempre as classificações são usadas para definir somente ninjas) que são considerados de nível kage em sub-categorias, como já disseram. Mas também existem as versões dessas nomenclaturas para as outras categorias ninjas, jounin, chunin, genin e até para a classificação de ''god'' (genin-baixo, chunin-médio, jounin-alto, entre outras).
Já sobre os fatores que levam a darem esses níveis em especiais, creio eu, são o patamar dos atributos ninjas do ser em questão. Como taijutsu, ninjutsu, genjutsu, inteligência, força física, velocidade, entre outras coisas. E acho que o patamar dos atributos para definição deve ter como base a média deles dentre os ninjas com título de kage, visto que são eles que estabelecem qual é o nível de um kage. Mas tudo depende do ponto de vista de quem define, pois essas classificações não são exatamente oficiais. Então, pode se dar qualquer nível para qualquer personagem. Acho que são apenas nomenclaturas para deixar tudo mais bem dividido e organizado. Mas normalmente parece existir um consenso sobre a nomenclatura que é usada para definir o nível de determinados personagens. Por exemplo: o Itachi e a Tsunade. Boa parte parece considerar o Itachi como sendo de nível kage-alto e boa parte parece considerar a Tsunade como sendo de nível kage-baixo. Porém, existem pessoas que consideram o Itachi e a Tsunade como sendo ambos de nível kage-médio. Como não existe uma classificação oficial para nenhum personagem, não se pode dizer que alguém está errado nesse caso.
Espero que eu tenha conseguido ajudar. Boa tarde.