Eu vi vários momentos.
O clássico tem poucos defeitos, era uma obra prima.
Já no Shippuden, ele parou de aprofundar na aldeia da folha, até mesmo personagens importantes no clássico pareciam figurantes no shippuden.
Ele não ter levado romances em consideração também prejudicou, pois fez a história parecer muito padrãozinho shounen.
Voltando falar em aprofundar, acredito que o autor deveria ter explorado as outras nações antes de colocalas em uma guerra, áleas quanto a guerra, usar Zetsus e personagens mortos foi uma decisão horrível, chega a dar nojo na falta de criatividade, nem parece o mesmo autor do clássico. Na minha opinião eles deviam pegar aqueles paizinhos pequenos "Aldeia da chuva, grama, poeira, chá" que possuem seus clás de ninjas, e fazer a Akatsuki ser uma especie de influencia para coagir eles a se unir e atacar as outras nações, dai sim, para não ficar desproporcional, pega alguns edos e alguns zetsus.