A doença sabotava a energia fisica do Itachi e o efeito colateral do MS + perca de visão reduziam a sua durabilidade em lutas por também comprometerem gravemente seu estado fisico, era esse fator unido a doença. Mas tudo isso afetava a energia, agora, ele por fazer parte da linhgem Uchiha e ser um descendente de Indra herdou uma boa energia espiritiual/mental.
Ele mesmo doente mostrou sim um bom chakra utilizando várias técnicas com um bom gasto e ainda com o mangekyou sharingan ativo o tempo inteiro consumindo seu chakra. Ele teve mais feito que mais que muito ninja por ai, enquanto que um Kakashi da vida não aguentava nem o sharingan 3 tomoes.
Os jutsus do Itachi eram bem severos em consumir chakra e ainda com aquele efeito colateral que causa dores no corpo e danos na saúde que te ferra durante a luta, exigindo força para se manter no combate. O MS jamais foi pra qualquer um, é só perguntar se um Kiba ou Tenten ou até um Kakashi da vida sendo comprometido por uma doença mortal em seus estágios finais aguentariam se manter na pressão de uma luta com dois mangekyou sharingans e usar susanoo, amaterasus amplos, tsukuyomi, todos esses jutsus gastando um bom chakra e te ferrando todinho depois de usar.
O chakra do Itachi naquela luta não se esgotou nenhuma vez, enquanto o Sasuke já tinha esgotado suas reservas o Itachi ainda tinha chakra pro susanoo e lutar com o yamata no orochi. Mesmo morrendo pra doença o susanoo ainda estava ativo, eu acho que ele morreu pela doença e não por ficar sem chakra.
A quantidade de chakra do Itachi (em 100%) ser "misera" no mínimo é um absurdo na minha opinião, e em 2018 ainda deve ter gente propagando essa ideia ridicula. Isso geralmente parte de gente que menospreza o consumo do mangekyou sharingan e coloca o doujutsu no mesmo pedestal da maioria dos outros jutsus na questão de gastar chakra e fôlego pra lutar, sendo que o mangá já esclareceu que não, as consequências de se usar esse doujutsu são severas e dolorosas e podem chegar até mesmo a ser fatal, sem contar que manter o doujutsu ativo o tempo inteiro por si só já consome um bom chakra.
O maior fator limitando era a doença e o efeito colateral como eu expliquei, FMS não tem efeito colateral, perca de visão e essas coisas, Itachi jamais ficou esgotado em chakra usando o seu mangekyou sharingan, era a doença unida ao efeito colateral (que causava danos internos) que deixava ele comprometido fisicamente nas lutas.