Difícil dizer.
No caso do BK, sabemos q foi por falta de capacidade. Mas, por lógica, o Kongoken é mais fácil de aprender.
Agora, tem um ponto interessante. Ninjas médicos normais tem q aderir às 3 regras, com destaque à segunda:
Nunca o ninja médico deve estar na linha de frente. No caso da Sakura, ela aprendeu o Kongoken e o BK na mesma época. Ou seja, sempre foi o plano q ela seguisse o estilo da Tsuna. Pra usar o Kongoken como Iryo-Nin, pelas regras, seria necessário o BK. Se a Shizune não aprendeu o BK, ela não poderia se tacar no corpo a corpo com o taijutsu.
Sei q é uma desculpa esfarrapada, mas é isso ae