Quando o Kabuto foi derrotado, o Naruto tinha feito apenas uma sicronia no modo Bijuu, de 5min. Ou seja, era 5min de KM2.
Como falaram, o combo Naruto minato tem uma versatilidade bem maior, com o Hiraishin, sendo q eles podem usar clones+ Braço de chakra pra alcançarem um nível absurdo de movimentação.
Nesse viés, genjutsus e amaterasu dificilmente finalizariam. O poder bruto do modo Bijuu, mesmo nos 5 mins, poderia ser usado com suporte do Hiraishin, desgastando bastante os oponentes, mesmo com susano'o. Do outro lado, Naruto pode transferir chakra pro Minato, upando suas capacidades e reservas. Lembro tbm q mesmo no KM1, Naruto já tinha um absurdo de chakra, bem mais do que os Uchihas. Com a luta se prolongando, vejo o time 2 em vantagem.
Concluindo, time 2 tem vantagem de versatilidade e poder bruto nos 5min inciais e tem reservas maiores pra aguentar melhor o resto do combate. Por isso, mais chances pra eles.
A não ser, é claro, q se considere tengu pro Sasuke, isso não foi especificado. Se for considerado, pois sabe-se q ele tinha o Iso Susano'o, aí a luta muda de lado.