Acredito que seria um combate bem interessante, no entanto, as chances são mais favoráveis ao Kakashi em ambas situações. O Suiton da Mei poderia ser barrado pelo Doton do Hatake, e convenhamos, esse não é o elemento mais mortal de todos. Youton também poderia ser barrado, ou no mínimo, atrasado pelo Doton, então duas das principais armas da Mei não seriam muito úteis neste cenário. Se a Mizukage apelar para o Futton, aí bastava o Ninja Copiador ir para debaixo da terra, podendo inclusive atacá-la de surpresa, mas não acho que finalizaria assim tão fácil também, mas já seria o suficiente para escapar. Daí, tudo o que resta para a Mei seria o Kirigakure no Jutsu, algo que o Kakashi já enfrentou e, inclusive, já usou ao seu favor, é claro que a Mizukage também poderia fazer isso, usando primeiro a névoa, depois usando os Suiton enquanto o adversário estivesse com visão ofuscada ou mesmo o Youton, que provavelmente seria mortal. Mesmo assim, acho que o Kakashi conseguiria escapar.
Baseado nisso, podemos dizer que praticamente todos os recursos da Mizukage não surtem grande efeito contra o Kakashi. Por outro lado, as habilidades dele poderiam derrotá-la, principalmente por causa do seu Raiton, que poderia usar de curta e média distância, se esconder debaixo da terra para atacá-la de surpresa e tals. As chances não são necessariamente enormes, mas ainda são melhores que as de Mei.
O único problema real do Kakashi seria sua quantidade de chakra, que provavelmente é muitíssimo inferior se comparado ao da Mizukage, então ele teria que armar uma estratégia para vencê-la no menor tempo possível, coisa que não seria um grande problema pra quem enfrentou diversas situações igualmente perigosas.
Sinceramente, Kamui não é essencial para a vitória do Kakashi, ele poderia finalizar Mei com Raiton, mas com certeza seu jutsu Kekkei Genkai ajudaria bastante. Considerando tudo isso, creio que as chances de vitória são maiores para o Kakashi... isso considerando apenas o "mostrado", pois se considerar o especulativo, acho que Kakashi só conseguiria vencê-la com Kamui mesmo e olhe lá.
Embora nunca tenha mostrado, é provável que Mei tenha vários outros jutsus que usuários de Suiton mais fracos que ela mostraram, como a Grande Cachoeira, Prisão de Água, Clone de Água, aquela onda de água que o Kisame usou contra o Time Guy para inundar o local, isso fora os prováveis Katon, Raiton e Doton randoms. Além de outros jutsus Youton e Futton mais fracos que os que ela mostrou. Os jutsus que ela tem nos jogos da série Ultimate Ninja Storm provavelmente se aproximam muitíssimo do verdadeiro potencial dela, uma pena que não foi tão explorada no anime/mangá.
De qualquer forma, isso é apenas especulativo, considerando o mostrado, Kakashi vence ela sem dificuldades absurdas com ou sem Kamui. Num local com bastante água, aí sim ela poderia vencer sem grandes dificuldades, mas como não é e como ela também não mostrou um jutsu capaz de inundar locais, ela perde.