Dentre os Cinco Elementos básicos, todos possuem seus pontos fortes e fracos, mas vou tentar analisar
Fogo: É fraco contra Água, mas forte contra Vento, em ambos casos, depende da quantidade. Uma gota de água não apaga uma fogueira... uma vela pode ser apagada por um mero sopro. Aparentemente, Fogo pode ser barrado por Terra e é irrelevante contra Relâmpago. O Fogo é mais pra ofensivo, mas embora queime, nem sempre parece afetar todos os ninjas. Suas propriedades defensivas eu não me lembro e não parece ser muito bom como suplementar (infundir chakra de fogo em armas por exemplo), daí eu diria que o Fogo é o pior, apesar de ser um dos mais utilizados no anime/mangá inteiro.
Água: É fraco contra Terra, mas forte contra Fogo, depende das quantidades também e poder do usuário é claro. Eletricidade e Vento fortalecem a Água. Enquanto ela pode ser usada tanto para finalidades ofensivas quanto defensivas, o controle de forma é o melhor dentre os cinco elementos. Dependendo do nível do adversário, ele não será capaz de usar se estiver num local seco. Suas habilidades suplementares são bem boas também, como visto com o jutsu Prisão de Água.
Terra: É fraco contra Raio, mas forte contra Água. Serve para amolecer ou endurecer propriedades sólidas e também para diminuir ou aumentar o peso de objetos. É usado principalmente para finalidades defensivas e funciona bem contra Fogo, não sei dizer o mesmo de Vento, talvez não se a intenção for perfurar ou cortar, mesmo assim, continua sendo bem bom na parte da defesa. Alguns jutsus do Estilo Terra parecem absorver Chakra, ou são bons para restringir os movimentos dos adversários, então é bom como jutsu suplementar também.
Raio: É fraco contra Vento, mas forte contra Terra. Serve para eletrocutar, perfurar, deve ser o elemento mais veloz. Pode ser fortalecido por Água, mas acho que não é muito relevante junto com Fogo, poucas informações. Acho que é o melhor elemento para jutsus suplementares, pode aumentar a velocidade do usuário, eletrocutar o alvo, os jutsus são velozes, possuem capacidade de perfuração extremamente alta, ainda mais combinado com armas, paralisa o oponente, e deve ter mais coisa, é bom para ataque, mas dependendo do jutsu, pode não ser ideal pra quem não tem reflexos lentos.
Vento: É fraco contra Fogo, mas forte contra Relâmpago. Serve para empurrar ou cortar o adversário. Pode fortalecer água e dependendo da intenção, acho que supera Terra (tipo se for pra cortar). Assim como Raio, pode ser um bom suplementar para afiar armas laminadas e por ser invisível, deve ser muito difícil de se esquivar. Em outros universos, é até mais poderoso que isso, mas acho que em Naruto para só por aqui mesmo, mas posso estar enganado.
Baseado nisso, eu diria que o Elemento Relâmpago/Raio é o melhor, principalmente se o usuário for bom. Como já disseram, possui maior versatilidade.
Já entre as Kekkei Genkai elementais, arrisco dizer que a Liberação de Lava, pode ser usada de várias formas, ofensiva, defensiva, pode ser ácida, corroer o alvo ou até queimar o adversário, mas seria melhor para batalhas. A melhor no geral seria Liberação de Madeira, pois pode ser usada para ataque, defesa e ainda dentro e fora das batalhas. E tem também a Liberação de Fervura, que derrete até o Susano'o, mas aí já não pode ser usada perto de aliados, mesmo assim, é bem boa. Resumindo, essas 3 são as melhores Kekkei Genkai elementais na minha opinião.