Na minha opinião, existem pelos menos 3 maneiras claras disso acontecer, embora duas delas sejam quase impossíveis de acontecer. A primeira seria com Sasuke morrendo... tipo, se o Danzou soubesse que não tinha chances de impedir o Obito de contar isso ao Uchiha, Danzou com quase toda certeza tentaria matar o Sasuke ou mandaria alguém fazer isso. A segunda opção, pouco provável, seria com o Obito sendo morto. A terceira seria algo que já disseram, com o Obito não tendo nenhum interesse no Sasuke, é também a menos provável.
De qualquer forma, Sasuke ficaria mais fraco sem o Orochimaru e sem o Selo Amaldiçoado, provavelmente ainda forte o suficiente para competir com os Jounins de Konoha, mas nada de absurdo. Não teria o Mangekyou Sharingan e, na minha opinião, dificilmente o consegueria obtê-lo. Sasuke havia rompido seus laços com Konoha, se Naruto ou Sakura morressem, acho que ele sequer se importaria. Ele também não parecia se importar "tanto" com os membros do Time Hebi, então dificilmente obteria o Mangekyou Sharingan, a não ser que os olhos de Itachi tenham sido preservados e estivessem sob posse de Konoha para Sasuke poder transplantá-los (não sei se aceitaria)... ainda assim, acho que ninguém sabe exatamente como Madara e Izuna despertaram o Mangekyou Sharingan (eu diria que teria sido por causa da morte dos irmãos deles, mas é incerto), então quem sabe, né? Na série, é possível ver um padrão que a maioria dos Uchihas despertaram e evoluíram o Sharingan e o Mangekyou Sharingan através de emoções negativas como raiva, ódio, tristeza, mas em Boruto, podemos ver que pode ser qualquer emoção forte, como alegria/felicidade, talvez até medo/fobia, vai saber.
O que Sasuke iria fazer depende muito do que aconteceria após a luta contra Itachi. A opção mais provável é que Konoha iria capturá-lo, mas também pode acontecer da Hebi encontrá-lo, embora menos provável.
Se fosse a primeira opção, acho que ele seria mantido prisioneiro, afinal, era considerado um criminoso. Pode ser que ele fosse libertado na Invasão de Pain e impedisse que a vila fosse destruída, lutando ao lado de Kakashi e dos outros Jounins. Com isso, sua punição seria aliviada, já que eliminou dois grandes inimigos de Konoha (Orochimaru) e contribuiu para a derrota de um terceiro (Pain). Depois, o objetivo de Sasuke seria encontrar o "Madara" e matá-lo, se conseguisse escapar de Konoha, se sobrevivesse e se houvesse uma guerra, provavelmente sua ajuda seria valiosa.
Se fosse a segunda opção, só pular a Invasão do Pain, ele iria direto procurar o "Madara" e, se sobrevivesse e houvesse uma guerra, acho que ficaria do lado de Konoha. Há muitos pontos a se considerar, mas resumidamente, ficaria nisso.