Gostei, muito interessante!
Vejamos, Liga da Justiça com personagens de animes... parece tão fácil, mas ao mesmo tempo é bem difícil. Mas vamos lá!
Personagem com bastante força bruta como o Superman
Dentre os personagens que eu conheço, o mais adequado seria o Goku (Dragon Ball), já que ele possui diversas semelhanças com o homem que usa cueca por cima das calças. Para quem conhece apenas um pouco dos dois personagens, entende bem isso.
Personagem com bastante inteligência como o Batman
L (Death Note), acho que seria um bom Cavaleiro das Trevas se também utilizasse bastante tecnologia. Deve ser um dos personagens mais inteligentes dos animes, ao menos entre os que eu assisti. Claro que também tem o Kira e o Near, também de Death Note, mas o L combina mais como "herói" do que os outros dois.
Personagem com bastante velocidade bruta como o Flash
Sonic (Sonic the Hedgehog) é uma boa. Claro que existem vários personagens bem mais rápidos que ele, mas a velocidade é uma das características mais marcantes do Sonic. Se eu cometi um engano e isso não for um anime, coloco Dispo de Dragon Ball Super.
Personagem feminina guerreira como a Mulher Maravilha
Erza Scarlet (Fairy Tail) seria uma boa. Das personagens que me lembro agora, a Erza parece a mais próxima de uma "guerreira" como a Mulher Maravilha.
Personagem com poderes mágicos como o Shazam
Gildarts (Fairy Tail), ele é bem forte e tem grande poder mágico.
Personagem com controle sobre o mar como o Aquaman
Não lembro de personagens que conseguiam manipular o mar e as criaturas marinhas nos animes, talvez tenha algum em One Piece e Cavaleiros do Zodíaco, mas não conheço esses bem o suficiente para falar qualquer coisa. Talvez o Kisame de Naruto, se ele tivesse um perfil de herói... realmente não lembro kk
Do Capitão Átomo não entendi direito... mas minha Liga da Justiça versão anime seria mais ou menos desse jeito.