Além do chakra absorvido das vitimas do MT, a diferença seria que ela tinha o Byakugan e ele o Rinnegan, isso em poderes, eles tinham o mesmo Rinnesharigan e etc, então Madara leva vantagem pelo Doujutsu superior. Fora isso o que um tem o outro também tem (creio que menos aqueles ossos lá, mas Madara tinha os poderes do Rinnegan em compensação).
Nos outros aspectos Madara tinha tudo superior, inteligência, estrategia, experiência e etc...
Em outras palavras, na pratica Madara era o personagem mais poderoso do mangá, mas por mais poderoso que fosse não estava imune a ser enganado e apenas por isso foi derrotado. Mas quem nunca foi enganado por ninguém que atire a primeira pedra, hahahhahahaha...
Então no mostrado Kaguya fez mais, mas na prática Madara era mais poderoso que ela.
Bom, isso na teoria, na prática Kishimoto meio que caga na própria lógica dele, por isso que no mangá dificilmente as lutas aconteceriam como os fãs teorizam na área de comparação.