Acho que uma motivação não é totalmente essencial. Temos Orochimaru por exemplo que tem um motivo bem chulo para ser um vilão que se limita a imortalidade e poder/conhecimento. O que o faz ser um bom vilão é sua construção.
Orochimaru no clássico tinha cenas incríveis! O cara mal aparecia e já tocava aquela sua musica medonha que causou arrepios em muitos. Seu motivo não era dos melhores, mas o seu desenvolvimento foi.
Então, minha resposta é: Carisma, motivação, aparência, desenvolvimento, cenas, personalidade e derivados.
Outro vilão que caiu nas graças se referindo ao Naruto foi Zabuza. Apesar de tudo, sua redenção te faz ter empatia pelo personagem. Então, para mim, ao menos nestes casos, o essencial é a forma que o mesmo é trabalhado.
Staz escreveu: Um vilão que quer ter poder por querer.
E um vilão que quer causar um genocídio em massa para evitar a extinção de todas as raças humanas e extraterrestres.
Entre esses dois vilões, qual você preferiria ouvir mais sobre?
Matar metade da população >> Multiplicar os recursos do planeta para que não seja preciso um genocídio.