É canônico, como já disseram e mostraram. Ele provavelmente aprendeu sozinho, antes de ter o Sharingan, afinal, o Chidori foi baseado no Rasengan. Kakashi deve ter aprendido a manipulação de forma do chakra com o Minato, daí criou o Chidori, que é combinação de manipulação de forma com manipulação da natureza. Mas pode ser que ele tenha copiado também...
Como ele era um ninja assassino, o Chidori era mais eficiente que o Rasengan para o trabalho.