Acho que tudo gira em torno de como Kabuto lidaria com Itachi e Sasuke após isso, talvez ele ficasse preocupado e mudasse seus planos, impedindo que o Edo como um todo fosse parado, seja fugindo, seja atacando com tudo.
Se Kabuto não fosse derrotado, então tudo mudaria, não haveriam Edo Hokages e chance do Sasuke tocar em Konoha já que ele poderia ser possuído.
Os Kages poderiam derrotar Obito em seguida, Zetsu Negro se veria forçado à interferir de alguma maneira.
Não consigo prever muitos cenários, para mim Kabuto - Zetsu Negro - Obito possuem tantas formas de contornar Madara Edo derrotado quanto a aliança contra eles.