Na verdade, não sabemos ao certo os limites dessa barreira. Por ser útil em burlar soro da verdade, que é um acesso contínuo e direto ao cérebro do ninja, obviamente também burlaria genjutsus, que precisa do mesmo mecanismo de acesso.
A questão é...
O Gamarinshou é 3º mais poderoso genjutsu já mostrado no mangá, o próprio Nagato disse que nunca imaginou que o Jiraya teria um genjutsu tão poderoso. Então assim como depois de um tempo, o Inoiche conseguiu acessar o cérebro do informante lá de Amegakure, quebrando a barreira mental, possa ser que por ser um genjutsu extremamente potente, o Gamarinshou não tenha tido problema em fazer o mesmo. Por isso a surpresa do Nagato.
Mas não dá para saber ao certo de quais genjutsus essas barricadas mentais protegeriam a pessoa.