Fez sentido? Sim. A maioria dos antagonistas de Naruto não eram vilões clássicos, eram apenas pessoas que lutavam pela paz da maneira que lhes era conveniente, quando percebiam que o caminho deles estava equivocado e que a paz poderia ser alcançada de outra maneira, eles automaticamente simpatizavam com o novo caminho, tal como foi o caso de Nagato, Obito e até Madara.
A única conversão, que na minha opinião, não fez muito sentido (ou não foi muito convincente) foi a do Orochimaru, que era um exemplo de vilão clássico em Naruto. Fora ele, todas as outras fizeram sentido.
Agora se foi "bom"... vai depender de cada um. Pra mim, a do Nagato foi ok, as outras foram meio ruins, embora longe de ser necessariamente péssimas.