Bom, se o Obito nunca tivesse dado o Sharingan para o Kakashi, há uma grande probabilidade dele ter sido derrotado por aquele ninja de Iwagakure, visto que o Sharingan foi um fator crucial para a vitória do Hatake naquela situação, pois completou o Chidori, o golpe finalizador daquela batalha. Com Kakashi morto, Rin seria a próxima e, se por acaso, o inimigo percebesse que Obito ainda estava vivo, poderia muito bem matá-lo. A partir daí, podemos assumir que aconteceriam muitas mudanças na história. Madara, por exemplo, poderia nunca ter conseguido outra oportunidade para escolher um sucessor, ele teve um trabalhão para fazer o Obito ficar do lado dele (e mesmo assim, Obito nunca esteve totalmente do lado dele), dificilmente conseguiria outro. Logo, podemos dizer que os planos do Madara morreriam junto com ele. Mas desde que Zetsu ainda poderia manipular o Nagato, é possível que nem tudo estivesse perdido. Konoha certamente ficaria bem, com as principais ameaças sendo Orochimaru (que duvido muito que conseguiria qualquer coisa com o Minato sendo Hokage) e, mais tarde, uma possível Akatsuki mais deficiente... sem Itachi, sem Obito. É difícil dizer tudo que aconteceria, mas muitas coisas mudariam. Podem acontecer outras coisas também, é claro...
Para o Obito despertar o Mangekyou Sharingan, tudo depende do que aconteceria depois. Dependeria da Rin morrer, principalmente ou o Kakashi. Pode ser que ele despertasse isso à beira da morte, ficasse intangível e derrotasse todo mundo, mas aí voltaria para Konoha junto com o Minato, seria um aliado, não inimigo.
Toda essa história do Obito depende muito dele dar o Sharingan para o Kakashi, se mudarmos isso, tudo muda, nem há garantia de que ele cairia na Maldição do Ódio, uma vez que talvez nunca viesse a conhecer o Madara. E Konoha seria uma potência pseudo-invencível, visto que nem a Akatsuki daria conta de enfrentar um combo de Minato, Obito, Jiraiya, Sasuke, Naruto, Itachi, Hiruzen e outros ninjas OP.