Bom tópico
@Justinboll, só dois adendos:
1) Madara não absorveu a Shinju, ele a selou em si muito provavelmente por via do Selo Ataúde do Rikudou, implantando o Rinnesharingan já maturado (o fruto).
Mokuton é, assim como Doton, Areia do Gaara, Kirin etc, um tipo de técnica que reproduz, para manipulação, coisas já existentes de fato, isto é, pegando o exemplo de Dotons genéricos (Terceiro Databook, Página 291)
Como dá pra ver, pela própria definição, ambas são técnicas que manipulam o ambiente e não necessariamente criam algo do nada usando Chakra, não é como um Katon, um Fuuton, um Doton do tipo projétil (como os utilizados por Hiruzen).
Mokutons quaisquer seguem o mesmo princípio, e mesmo o Daijurin que multiplica as células do próprio usuário (Terceiro Databook, Páginas 305 e 306)
Madara não era capaz de absorver o Doton do Onoki, tampouco a Areia do Gaara, pois são coisas físicas, reais, não feitas inteiramente de Chakra, isto não se altera se ele se torna um Jin do Juubi.
Há ainda a ligação usuário~jutsu, como no exemplo do Mokubunshin. Yamato era capaz de transformar o Mokubunshin numa semente, criando um marcador sensorial, não seria semelhante ao que Momoshiki fizera com Kinshiki, transformando-o numa Fruta?
Yamato também "absorvia" seu Mokubunshin, assimilando toda a experiência que ele havia tomado enquanto vivo, não seria semelhante ao que Madara Jin fizera com a Shinju?
O artigo inteiro do Mokubunshin é uma mina de ouro no que tange o Mokuton. (Terceiro Databook, Página 309)
Veja que um mesmo fato possui diversas prováveis linhas de raciocínio, é simplesmente complexo demais afirmar que Madara Jin, por absorver a Shinju, logo, absorveria Mokutons etc. (Sim, eu sei que você não afirmou, mas um dos argumentos é justamente este).
2) Sobre o Kinshiki, é claramente um caso excepcional, não deve ser generalizado de forma alguma. Peguemos o caso do Jigen, que absorveu parte do Chakra do Juubi e acabou por se transformar fisicamente (Boruto, Capítulo 35)
Agora, o mesmo acontece quando Madara ou Obito selaram o Juubi em si, modificando sua aparência física por conta do Gedou Mazou e da Rikudou Sennin no Ka.
Mesmo processo, porém usando meios distintos... Qual fora o meio pelo qual Madara e Obito modificaram suas aparências, Karma ou Rinnegan?
Re: Rinnegan.Qual foi o meio pelo qual Jigen modificou sua aparência física, Karma ou Rinnegan?
Re: Karma.Momoshiki tinha ambos, Rinnegan e Karma, e nenhum dos dois mostrou ser capaz de absorver seres vivos em si, apenas ligações com um tipo específico de ser (Ootsutsuki ou Juubi), podendo assimilá-lo em caso de absorção. Tá mais para um método pelo qual Ootsutsukis passam poder de uns para os outros, mesmo o Rikudou Sennin o fizera com Naruto e Sasuke.
"Vou te mostrar...! Os modos do nosso Clã!" (Boruto, Capítulo 07)
Vale lembrar ainda, para reforçar mais o meu ponto:
Momoshiki não absorveu o Kinshiki em si, ele o transformou em um Fruto para posteriormente comê-lo (Boruto, Capítulo 07)
Em outras palavras, isto abre precedente para o seguinte raciocínio:
Ootsutsukis são entidades que produzem frutos, isto é, são necessariamente formas racionais de algo em cerne muito mais complexo e bestial, como o próprio Juubi.
Notemos a fala do Jigen quando o Juubi tentou mordê-lo:
O cara disse com todas as palavras que ainda não era hora de comê-lo, isto quer dizer que esta hora eventualmente chegará?
Momoshiki e Kinshiki mantinham-se imortais consumindo suas pílulas e Fruto de Chakra de planetas alheios, logo, nada mais natural que o mesmo se aplicasse ao próprio Isshiki. E como Kinshiki diz, ele mesmo consumiu seu antigo subordinado, então é uma prática comum entre eles, não me parece simplesmente
"Rinnegan absorveu e valeu, é isso aí".
Enfim, há muito mistério sobre esta questão, eu pessoalmente acho que Ootsutuskis são Juubis em formas humanóides, e que o Zetsu seja um tipo de Karma ambulante. E Mokuton, assim como qualquer outra coisa física (incluindo pessoas), não pode ser absorvido.