Talvez sim, talvez não. Orochimaru ser um vilão não foi necessariamente a principal causa da morte do Jiraiya.
Mas dependendo de qual momento o Orochimaru tivesse mudado, o Jiraiya poderia ter continuado vivo mesmo.
Supondo que o Orochimaru tivesse mudado ali entre o timeskip do Clássico para o Shippūden, ou ainda, durante a batalha dos Sannin, pode-se dizer que Konoha não precisaria se arriscar tanto e mandar seu ninja mais poderoso para morte. Orochimaru fez parte da Akatsuki e poderia muito bem ter reconhecido o Yahiko em Pain, o que já ajudaria bastante, juntando os fatos com o que o Jiraiya sabia, quando eles fossem enfrentar Pain, não demoraria muito para descobrir o segredo do Nagato. Eles provavelmente acabariam derrotando a Akatsuki e só precisariam lidar com Obito e Kisame.
Pode ser que Sasuke e Hebi fossem mais amistosos com Konoha, ao invés de evitá-los, podendo inclusive trabalhar juntos.
De maneira geral, se o Orochimaru tivesse mudado de lado, a Akatsuki estaria com sérios problemas, inclusive, deve ser até por isso que eles queriam matá-lo. Orochimaru era tão perigoso para organização quanto o Itachi era. Muita coisa mudaria com Jiraiya vivo e Orochimaru sendo aliado de Konoha.