Se estivermos considerando anime x anime, eu prefiro Dragon Ball por ser mais direto ao ponto, ou seja, tem menos fillers. Mas no geral, considero Naruto bem melhor, seria como comparar um país desenvolvido como os Estados Unidos com um país em desenvolvimento como o Brasil. Cada uma das obras é boa a sua maneira, mas pra mim:
História Geral
Dragon Ball é bom, no entanto, o ápice que a obra conseguiu chegar neste quesito foi através do seu mais recente filme: Dragon Ball Super - Broly. Mesmo assim, o nível do enredo apresentado nisso se equivale a, no máximo, o nível de enredo de Naruto Clássico (que ainda era bem limitado).
Desenvolvimento dos Personagens
Dragon Ball até que faz um esforço, mas seus personagens são mal desenvolvidos, o melhorzinho é o Vegeta, o protagonista da série até chegou a evoluir até certo ponto, mas regrediu às origens em DBS. Personagens secundários mal participam da história e, até certo ponto, os personagens sequer tinham um passado bacana. Em Naruto, a mudança dos personagens é facilmente notável, enquanto que embora alguns sejam realmente mal aproveitados em comparação ao elenco principal, praticamente todos tiveram seu momento, até os quase figurantes tem sua mini-história revelada.
Vilões/Antagonistas
Os de Dragon Ball, a partir de certo ponto, praticamente todos queriam destruir tudo e todos. Não tem uma motivação tão bem elaborada, são simplórios por assim dizer, o mais bem elaborado que achei até agora foi o Zamasu, não que seja o meu preferido. Os de Naruto, embora muitos tenham o mesmo objetivo, eles tentam atingir isso através de diferentes maneiras, suas convicções são muito bem explicadas e cada um tem sua particularidade.
Combates
Dragon Ball, de uma maneira geral, se resume a pancadaria, técnicas com poder de destruição extravagantes e vence aquele que é mais forte, as estratégias existem, porém, elas são rasas e raramente influenciam muito no resultado final da batalha, o personagem vence o outro por ser mais forte, simplesmente, não por ser melhor. Ainda assim, dá uma nostalgia maior ver as lutas de Dragon Ball. Mesmo assim, considero os combates de Naruto sendo um nível acima, existe mais estratégia, as coisas não se resumem somente a quem é mais forte, depende de vários fatores.
Técnicas
Novamente, prefiro as de Naruto, elas são melhor elaboradas, cada uma tem sua funcionalidade e particularidade. A maioria das técnicas de Dragon Ball se resumem a rajadas de Ki com alto poder destrutivo e nada de mais, uma ou outra que tem sua especialidade, tais como as recentes criadas em DBS (Hakai, Instinto Superior, etc.) e algumas outras antigas.
Músicas
Nesse quesito, prefiro Dragon Ball. Sempre gostei mais das aberturas e músicas de fundo, especialmente em Dragon Ball Z. Talvez seja porque assisti mais Dragon Ball do que Naruto, mesmo assim, a obra do Kishimoto perde nesse quesito. Dragon Ball traz mais emoção e nostalgia.
Enfim, essa é minha opinião. Como um todo, Naruto é bem melhor, mas Dragon Ball não fica muito atrás. Tudo isso depende muito de gosto, uns podem amar Naruto e odiar Dragon Ball ou vice-versa, eu já sou mais do tipo que curte as duas obras mais ou menos com a mesma intensidade. Por muito tempo, preferi Dragon Ball, mas hoje em dia, considero Naruto melhor.