Madara possui o Gakidou, por isso qualquer Ninjutsu que o Sasuke tentasse usar ali seria inútil, isso inclui não somente o Amaterasu, como também Raiton na espada. O objetivo de Sasuke, na minha opinião, era decapitar o causar algum outro ferimento "mortal" no Madara, mas sem sucesso. Portanto, se o Sasuke usasse o Amaterasu aí, a história seguiria da mesma forma.