Eu acho que quem estava por trás da segunda e da terceira eram o Madara/Zetsu Negro. Acredito que eles - através das sombras - persuadissem de forma indireta um atiçamento entre as nações para a guerra. Acredito que essa foi a forma de Madara se vingar do sistema do Hashirama. A primeira guerra ocorreu logo após a "morte" de Madara, que pra mim foi porquê Konoha já não tinha sua dupla invencível. Não que o Hashirama o fosse, afinal ele morreu nesta guera...
Pra mim isso é algo implícito no Mangá, visto que parando para analisar de um lado, o Madara precisou do clima da segunda guerra pra implantar e "despertar" o Rinnegan de Nagato e da terceira para criar o ambiente de ódio do Obito.
Ou seja, todas as vilas estavam sendo usadas. A que menos sofreu "interferências" sem dúvidas foram a da Pedra e da Nuvem, mas para isso martelaram numa militarização bem grande, e seus Kages jogavam bem mais sujo que os outros. Lembre-se que o Zetsu Negro levou um milênio pra reviver Kaguya e esse foi o ápice de suas manipulações, o que acabou consagrando o plano uma hora ou outra.
Todas as vilas tem sua parcela de culpa, nesses quesitos.