A maioria dos Genjutsus do Itachi são anulados por Minato ser um Jinchuuriki Perfeito, o que salva é o Izanami e o Tsukuyomi, ainda assim, não há certeza absoluta sobre isso, existem prós e contras em relação a essas duas habilidades. De qualquer forma, o primeiro exige uma preparação que poderia ser prejudicial ao Uchiha, enquanto o outro pode ser evitado da mesma maneira que os demais Genjutsus Visuais. Enton, Katon e Suiton seriam inúteis contra o Shunshin, Hiraishin e Modo Kurama do Yondaime. A partir daí, o arsenal do Itachi acaba se limitando ao Susanoo, que seria uma excelente defesa, bem como a única forma eficaz dele prolongar a luta. Seus recursos ofensivos continuam não sendo muito úteis, Yasaka no Magatama e os braços do Susanoo em si seriam counterados pelo Modo Kurama, a Espada de Totsuka, ainda que possa perfurar o manto (já vi alguns dizendo que não pode), não seria lá um problema tão grande para o Minato lidar. Com isso, o Itachi teria de depender do seu Espelho de Yata, que na minha opinião, poderia ser burlado pelo Hiraishin Nível 3 somado a velocidade insana que o Yondaime possui nesse modo + poder destrutivo.
Sobre o Nagato, a maioria dos 6 Caminhos não são tão perigosos assim, eles seriam problemáticos de início, mas se e conforme a luta for avançando, as coisas ficariam complicadas para o Uzumaki manter o ritmo. 1 dos 6 Caminhos (Naraka) já inútil quando falamos apenas do Nagato, dos restantes, 4 eventualmente se tornariam inúteis contra o Minato. O melhorzinho é o Gakidou, que tornaria as possíveis investidas do Minato ineficazes. Mas com uma boa estratégia, ele poderia lidar com isso também, visto que a habilidade de absorção não ativa automaticamente.
Se na comparação tiver uma equipe de selamento para o Minato, suas chances de vitória são maiores. Se não, vai ficar um ciclo infinito, pois toda vez que Minato derrotar eles, vão se regenerar... ainda assim, essa é uma dupla perigosa, se o Yondaime não tomar cuidado, ele pode poderia ser derrotado por eles.