Na minha opinião, é bem provável que em Boruto, está tudo conectado, seja o anime, mangá ou novels, um completa o outro. O mangá é lançado mensalmente e precisa ir mais direto ao ponto, acho que eles não querem perder tempo mostrando algo que todo mundo já sabe que vai acontecer. O anime é considerado pelos fãs puro filler, mas sinceramente nem dá pra saber, já ouvi dizer que algumas coisas de lá foram dadas como ocorridas no universo do mangá e agora tem essa das novels. Não sei como eram as novels da época de Naruto, mas essas aqui, pós-guerra, parecem complementar a história principal. O negócio é considerar tudo mesmo que faz sentido e não contradiz o mangá, afinal, nada disso é fanfic.
E só uma correção: ela não despertou o terceiro tomoe neste capítulo, apenas foi a primeira vez que ela apareceu usando isso. Então o negócio é considerar a novel mesmo, senão, esperar pra ver o que o anime tem a oferecer ou alguma explicação dentro do próprio mangá.