Não são clones, eles não seriam iguais
Mesmo entre irmãos próximos e personagens com poderes iguais, existe diferença
Amaterasu, susano, tsukuyomi
Edo tensei, hiraishin, rasengan
Gates, Kamui, Jinton
São jutsus que mostram como irmãos gêmeos poderiam ter poderes parecidos mas diferentes, fora que mesmo que ambos tivessem poderes iguais talvez eles usassem de formas diferentes, perceba que o Rinnegan que o Nagato usava era o mesmo que existia no rosto do madara, mesmo assim os poderes eram diferentes, o Limbo seria útil para o nagato assim como o Shinra tensei seria útil para o madara assim como existe muita diferença por exemplo entre os usuários de células do hashirama tem coisas que o zetsu faz e seria útil para o Yamato e etc