1. Capítulo 12;
2. Capítulo 25;
3. Capítulo 37;
4. Capítulo 316;
5. Capítulo 319;
6. Capítulo 321;
O Sharingan pode memorizar qualquer Ninjutsu, Taijutsu ou Genjutsu que o usuário consiga ver, o problema está em replicar a técnica memorizada. Algumas coisas são apenas memorizadas pelo Sharingan, mas não podem ser replicadas, como é o caso das Kekkei Genkai, que são habilidades genéticas, mas se o usuário do Sharingan vir a conseguir essa habilidade genética, ele pode copiar, um exemplo é o Madara, que memorizou as técnicas de Mokuton do Hashirama durante sua vida, mas não podia replicá-las por não ter o requisito necessário, após cumprir o requisito que faltava, ele passou a usar Mokuton sem qualquer problema.
Depois tem a questão da dificuldade. Kakashi diz que o Sharingan pode copiar jutsus até Rank-A, com certa dificuldade (Rasengan, Chidori, Daibakufu no Jutsu), mas não pode copiar jutsus Rank-S. E vai depender do talento do usuário também, alguém "idiota" com o Sharingan talvez só consiga copiar até Rank-C, alguém mais "normal" poderia copiar até Rank-B, e alguém mais genial pode copiar até Rank-A.
Para copiar o Rasengan, não basta você ter o Sharingan, também tem que ser bom em manipulação de forma.
Para copiar o Chidori, não basta você ter o Sharingan, também tem que possuir Raiton (como o Kakashi disse, o Sasuke demorou alguns dias para aprender Raiton).
Para copiar o Mokuryuu, não basta ter o Sharingan, tem que saber Doton, Suiton e ainda possuir o traço genético para misturar ambos.
Podem existir técnicas que demandam conhecimentos ocultos, como as Hiden, e talvez não possam ser simplesmente copiadas, tem técnicas que não podem ser copiadas com o mesmo poder do usuário original (quantidade/controle de chakra/atributos físicos pode fazer a diferença). E por aí vai. Alguns ninjutsus requerem selos também, entre outras coisas.
Quanto a essa questão de não ter sido muito bem aproveitada na Parte II é por roteiro conveniente mesmo. Diversos personagens tinham habilidades que eram Kekkei Genkai/Touta (Bakuton, Jinton) ou técnicas que não dependiam de selos ou quando dependiam, podia não ser tão fácil de replicar. E o Sharingan acabou ganhando ups poderosos demais também, era importante colocar algumas limitações, se não os Uchihas seriam invencíveis.
Quanto a não ser usado nas comparações, é mais porque o pessoal não lembra mesmo... ou porque não quer, mas pode ser por causa dessas comparações também.