Depende (de várias coisas, como local, conhecimento, circunstâncias, etc.).
Mas, particularmente falando, em termos de poder, eu vejo o Itachi mais próximo dos 6 Caminhos de Pain do que do Nagato, embora eu ainda considere esses últimos um pouco superiores por todo arsenal que eles possuem. Então, a questão da dificuldade seguiria essa mesma linha. Tipo, considerando um cenário em que o Itachi saiba tudo sobre seus inimigos, acho mais difícil ele derrotar o Nagato do que os 6 Caminhos de Pain.
A Formação Completa é forte, mas a tarefa de derrotá-los é amenizada quando se tem conhecimento sobre o que cada um faz... Tendou (tem delay de 5 segundos que pode ser explorado), Gakidou (é só absorção), Chikushoudou (só Kuchiyose), Jigokudou (só revive), Shuradou (só armas), Ningendou (só suga alma). Uma vez que você saiba o que cada um faz, é bem mais fácil projetar uma estratégia para ir derrubando eles de um a um. E mais, eles estão limitados a usar só essas habilidades aí, não usam elementais, no máximo Kokushins e só.
Já o Nagato, mesmo que você saiba cada poderzinho dele, vai ser muito mais difícil projetar uma estratégia para derrotá-lo. Você não vai conseguir explorar o delay do Shinra Tensei tão facilmente, vai ser até mais difícil descobrir que existe um delay. Você não sabe quando o Nagato vai tentar sugar sua alma, etc. E, ainda por cima, o Nagato também tem habilidade sensorial (que os 6 Caminhos de Pain aparentemente não compartilham) e seus elementais (que embora quase ninguém considere como parte do arsenal dele, sugere-se que poderia ser tão bom quanto um Hiruzen da vida neste quesito), então derrubá-lo me parece uma tarefa muito mais árdua.
Mas como eu disse, depende também. Naquela situação que se passou na guerra, se os 6 Caminhos de Pain fossem Edo Tensei, provavelmente teriam sido inimigos bem mais trabalhosos do que o Nagato sozinho.