Boa pergunta!
Eu diria que depende do clone, ou melhor, da quantidade de chakra usado no jutsu. O Kage Bunshin, por exemplo, divide o chakra entre o usuário original e os clones igualmente, então um Doujutsu não pode diferenciá-los.
Quer dizer, isso normalmente, pois o Madara consegue diferenciar Kage Bunshins por motivos não especificados.
Mas outros tipos de clones podem ser diferenciados: