Uma coisa não tem nada a ver com a outra. Izanagi e Izanami não possuem qualquer relação com o Mangekyou Sharingan. Izanami prende qualquer um, independentemente do Doujutsu ou das técnicas do alvo. É uma aplicação inversa do Izanagi que, vale lembrar, carrega conceitos do Onmyouton e do Banbutsu Souzou.
O desenvolvimento do Izanami se deu justamente para parar o avanço do Izanagi entre os membros do Clã Uchiha, fossem eles usuários do Sharingan ou do Mangekyou Sharingan, não importa.
Agora, a efetividade do Izanami se dá em detrimento da imbecilidade da vítima, em outras palavras, quanto mais próximas suas ações e pensamentos estiverem do ciclo do Izanagi, mais propícia será de acabar presa no Genjutsu.