Depende do roteiro, mas ignorando isso. O Naruto provavelmente passaria a usar os Kage Bunshins de maneira mais eficiente, poderia criar mais variações do Rasengan, poderia lidar com Genjutsus bem melhor, já que o Kakashi é melhor nisso do que o Jiraiya. Enfim, basicamente, aprenderia o que ele aprendeu no arco da Dupla Imortal bem mais cedo.
Naruto é um personagem com muito potencial e que é nerfado pelo roteiro. Em questão de dias, o cara ganhou 10 anos de experiência com Fuuton graças ao treinamento com Kage Bunshins projetado pelo Kakashi (o Hatake até comenta que o Naruto estava se desenvolvendo mais rápido do que o Sasuke, que era um gênio). Dependendo de quanto tempo (real) ele gastou para aprender o Rasenshuriken, Naruto poderia se tornar 'mestre' em todas as 5 Transformações da Natureza em pouquíssimo tempo, questão de semanas ou meses, acumulando décadas de experiência com essas coisas. É um método de treinamento tão roubado que deveria ter alguma limitação severa kkk
De qualquer forma, depende muito do roteiro. Se o autor quisesse, Naruto poderia voltar tão ou mais forte do que o Sasuke, se não, seria a mesma coisa que vimos no original.