O Kamui está inteiramente ligado ao MS e reflexos do usuário, se ele não é capaz de acompanhar o alvo visualmente, ele não será capaz de aplicar. Madara Jin ultrapassa todos os limites que o MS pode visualizar devido sua velocidade insana, é uma missão quase impossível de ser realizada.
Outra coisa, é que ele já mostrou ser mais rápido que o Kamui:
O problema também é a percepção do Madara Jin que tem o sensor do seis caminhos e reflexos ultra aprimorados para reagir à tempo, com isso temos as opções:
1) Madara Jin sentiria o chakra acumulado do MS antes do Kamui abrir, nisso ele sairia da visão do MS com sua velocidade;
2) Madara Jin sentiria o chakra acumulado do MS, e ativaria o Limbo para trocar de lugar, fazendo o Kamui levar o clone ao invés dele;
3) Kakashi precisaria se aproximar para aplicar o Kamui, isso enfrente ao Madara Jin é pedir para ser morto;
Enfim, tudo isso corrobora para ele não ter utilizado o Kamui no Madara Jin, não iria da certo, Kakashi não é um idiota ele conhece seus limites, o melhor era servi como suporte mesmo.