Ambos são do mesmo nível, afinal, é o mesmo personagem com as mesmas técnicas.
Nagato tem a vantagem da agilidade no uso das técnicas, automaticamente elas se tornam mais fortes, mais imprevisíveis e seus combos acabam sendo mais letais.
Pain, por outro lado, é muito mais complexo de se lidar sem conhecimento.
Pain tem INÚMERAS formas distintas de se montar em batalha (só que a maioria não considera, só considera a luta contra o Naruto) , inclusive o próprio fator do Jigokudo e o Kuchiyose dos Pains por parte do Chikushodo se tornam um recurso precioso que o Nagato não dispõe, tanto para uma ofensiva surpresa quanto para defensiva (principalmente).
Nagato é melhor para uma luta de curto~médio prazo, pois pode usar do Chibaku Tensei e Chou Shinra Tensei a hora que quiser sem nenhum problema ou impedimento. Já a formação Pain é melhor para lutas de médio~longo prazo, pois apesar de ter o nerf de não poder utilizar tais técnicas com a formação toda em campo, é muito mais difícil de ser derrotado e tem uma ofensiva mais perigosa.
Resumindo...
O nível base de luta de Pain > Nagato, o nível MÁXIMO dos poderes do Nagato > Pain (pela limitação ao uso do CT e CST pela formação). Isso sem considerar os hacks mal explorados das técnicas do Nagato, pq se considerassem, Pain claramente seria superior.
A realidade mais óbvia é que em algum momento no início do Shippuden se concentrou o auge do Nagato. Pois ali ele tinha todo o conhecimento, maturidade e as habilidades demonstrados na Saga Pain e ainda não tinha tido sua vitalidade acabada pelo uso do Mazo.
O Nagato só se tornou naquele estado porque a cada processo de selamento de Bijuus, ele ficava 72h presos ao Gedo Mazo, tendo sua vitalidade continuamente sugada pela estátua. Ele fez isso SETE vezes !! Ou seja, no início do Shippuden, provavelmente veríamos um Nagato com sua vitalidade praticamente igual a luta contra o Hanzo, só que com as pernas danificadas.