Existe uma questão básica da língua portuguesa que é contexto, coesão e coerência. Isso vale para a leitura também.
Antes de concluir alguma coisa sobre uma fala de um personagem, primeiramente deve-se levar em conta as informações complementares apresentadas - ou não - que estabelecem um ponto de referência, direto ou indireto sobre a situação.
A fala de Yamato vem imediatamente após a fala de Naruto, estabelecendo um link direto que compara a desenvoltura de um personagem com o outro no uso do Shunshin.
Por inferência, o que está sendo comparado não é a velocidade, mas sim a
maestria e domínio da técnica entre os personagens - Shunshin no caso.
Minato, assim como Shisui Uchiha, utilizam o Shunshin como técnica "assinatura" de um estilo de luta baseado em mobilidade. É a mesma coisa que dizer que Boruto ainda não está no nível de Naruto no uso de Kage Bunshin: ele possui a capacidade de usar a técnica, mas lhe falta experiência e refinamento para conseguir usá-la com a eficiência de seu pai.
Uchiha Shisui sempre foi referenciado pelo seu estilo de luta que utiliza o Shunshin, mas ele nunca foi citado como o ninja mais rápido de sua geração, como Kira A, Minato ou Tobirama.
Da mesma maneira, Minato sempre foi referenciado por sua velocidade com o Hiraishin e seu domínio sobre o Shunshin. Não tem a ver com velocidade propriamente falando, mas sim com a maestria no uso da técnica que, como citado várias vezes no Databook, é um jutsu bastante peculiar que envolve a administração precisa de chakra com base na dinâmica do deslocamento, que foi justamente o que Naruto teve dificuldade de reproduzir com maestria - já que botou força demais na técnica e acabou afundando na parede ao invés de apenas pousar de forma graciosa como o próprio Minato ao salvar um Naruto infante das mãos de Óbito.
O que se pode concluir usando as informações dos dois quadros, refere-se justamente ao controle de chakra e expertise de aplicação do Shunshin, onde Naruto - que havia ganho o KM1 alguns segundos antes desta citação - ainda não tinha experiência suficiente pra usar a técnica com a mesma eficiência de Minato.
Para estabelecer um paralelo que ilustra bem a situação, imagine que Kisame - observando o sensor de "maldade" recém adquirido por Naruto através do KM1 - dissesse algo como:
"Hmmm, Ele ainda não está no nível de Kushina Uzumaki..."
Neste contexto, Kisame estaria falando especificamente sobre a expertise de Naruto com relação ao sensor de maldade, e não sobre por exemplo, o poder geral do KM1 comparando Naruto com Kushina.
Precisamos ler atentamente pra compreender essas nuances tão recorrentes na obra e evitar acabar desenvolvendo uma conclusão equivocada sobre o contexto.