Eu compreendo as atitudes do Itachi.
Ele era alguém pragmático e fazia o que deveria ser feito para proteger a vila. Itachi devia seguir mais ou menos a mesma linha de raciocínio que o Tobirama, de fazer o que devia ser feito para proteger Konoha, independente se o meio que está seguindo é moral ou não. Até mesmo o Hashirama, que é um cara super carismático e que sempre tenta manter a paz, preferiu matar o seu melhor amigo do que botar Konoha em risco.
Mas isso é algo comum em Naruto, muitas pessoas matam, tentam ou ameaçam amigos próximos em prol de Konoha. Hashirama "matou" o Madara, Hiruzen tentou matar o Orochimaru, Jiraiya ameaçou a Tsunade caso ela tentasse algo contra Konoha, entre outras coisas, porém só pegam no pé do Itachi pelo fato dele ter sacrificado familiares. Se ele tivesse eliminado um clã de outra vila que fosse uma ameaça para Konoha, eu tenho certeza que ninguém acharia algo absurdo.
Em resumo, ele fez o que foi necessário para proteger Konoha, sacrificando até mesmo as pessoas que ele amava para isso.