Provavelmente.
O Sharingan teve dificuldades contra o Kirigakure no Jutsu, como o
@Ellos disse, mas este fato ocorreu no início do mangá, além de contrariar o fato de que os usuários do Susanoo podem enxergar seus alvos perfeitamente, mesmo havendo uma barreira de chakra extremamente densa frente aos seus olhos.
O fato de não ser um Genjutsu Visual também não impede a ação do dōjutsu.
O Sharingan destrinchou o Mugen Onsa utilizado por Kabuto, mesmo sendo um Genjutsu Sonoro, além de ser mais forte por causa do chakra Sennin. O único porém é que Sasuke e Itachi precisaram lidar com a paralisia aplicando Genjutsus um no outro.
Por fim e obviamente, o Sharingan não necessariamente vê somente chakra. O Sharingan pode enxergar objetos sem qualquer espécia de chakra com muito mais nitidez do que um olho comum, além de poder prever movimentos musculares, como quando Sasuke previu com o Sharingan de 3 tomoes os movimentos do Yondaime Raikage, mesmo este estando coberto por chakra.
Tudo isso, mesmo em meio a um campo repleto de chakra e névoa, poderia ser detectado por usuários do Sharingan.
Pode ser que varie conforme o usuário e com certeza varia conforme o nível do dōjutsu, mas acredito que o que aconteceu entre Kakashi e Zabuza seja algo bastante raro.
Mas é claro que, depois de tudo o que Kishimoto fez, não dá pra ter tanta certeza sobre isso.