Depende. O que o
@HyugaBushin disse resume bem o que acontece.
Algumas técnicas são utilizadas pelo corpo original do shinobi/kunoichi. Neste caso, o clone é apenas um "ponto de acesso", possibilitando que uma técnica seja utilizada a partir de diversos locais mesmo que seu usuário não seja onipresente.
Porém, se a técnica é como uma barreira ou uma outra técnica que usa o chakra continuamente, a conexão com a reserva de chakra (neste caso o clone) é interrompida e então a técnica é cessada, pois não há mais como ser mantida.
Também depende do controle sobre os clones.
Se o usuário consegue apenas "dar ordens" aos seus clones, provavelmente teria mais dificuldade em manter certas técnicas;
Se ele consegue manter uma "conexão estável", provavelmente poderia tomar o controle de uma técnica que um clone não terminou de executar, afinal, o chakra pertence ao original de qualquer forma.