É complicado afirmar isso com precisão. Analisando pelo genius scalling apresentado na obra, eu diria que seria o Minato. Praticamente todos tratavam ele como alguém insuperável, que não havia nascido alguém tão talentoso desde o nascimento dele próprio, nisso inclui-se gente da liga de Itachi e Kakashi. Pelo menos assim era em grande parte da obra, o problema é saber como ficam aqueles que sofreram retcon nessa história, como os três primeiros Hokages, além do Madara. Hiruzen é citado para ser mais talentoso do que o Tobirama, Orochimaru é citado para ser mais talentoso que o Sandaime Hokage, daí Sasuke é citado para ser superior ao tio das cobras e regressamos a este último sendo colocado abaixo do Yondaime. E tem o Nagato também, que ficou meio de fora do genius scalling por não ser alguém de Konoha.
Sei lá, apostaria no Minato mesmo, como retratado na obra. Tem todo um hype para o Naruto superar o Minato em uma grande parte da obra. Agora se estivermos falando em gênio no sentido "feitos para população", eu apostaria em Hashirama, que simplesmente revolucionou o mundo ninja. Tobirama logo depois, visto que completou o que o irmão mais velho fez.