Se o Obito adulto não conseguiu transplantar os 2 Rinnegans, não vai ser o guru com 13 anos de idade que iria suportar.
Quando o Obito apanhou para a pedra, o Nagato já tinha o Rinnegan.
O treinamento de Nagato, Yahiko e Konan pelo Jiraya foi durante a 2º grande guerra ninja (Nagato criança). Na 3º grande guerra ninja (onde ocorreu o Kakashi Gaiden), o Nagato já era adolescente e já estava formada a Akatsuki primitiva, com Yahiko como líder.
Tanto que o evento onde o Obito vai se encontrar com o Nagato em Amegakure provavelmente ocorreu poucos meses depois do Obito ser salvo pelo Madara. Ou seja, muitos anos já que o Nagato já tinha posse do Rinnegan.
O plano do Madara era que o Nagato o revivesse com o Rinne Tensei. Acho difícil o Zetsu conseguir alguma influência sobre ele, visto que ao contrário do Obito que tinha metade do corpo formado pelos clones do Zetsu, Nagato nunca teve as células do Hashirama. Acredito que algum tipo de Fuuinjutsu de restrição possa ter sido colocado nele e que pudesse ser ativado por Obito ou Zetsu, mas não dá para ter certeza.