Obviamente, sim. A doença afetava de forma intensa e grave a quantidade de chakra do Itachi.
Não há diferença entre chakra e stamina no mangá, e o Itachi tinha uma doença grave, que minava a stamina dele ao ponto dele na luta contra o Sasuke estar prolongando sua vida através de drogas para conseguir sobreviver até a luta contra o irmão.
Mesmo assim, mostrou ter um chakra bem superior ao de Sasuke Hebi (que é, basicamente, poucas semanas de diferença do Sasuke MS). Sem a doença, ele teria um chakra poderoso, fazendo jus a sua condição de prodígio do clã Uchiha, e shinobi que dominou 3 elementos diferentes, além de outros 2 (Inton e Yoton, que são Yin e Yang), totalizando 5. Além de ser filho do líder do clã Uchiha, tendo uma bela herança genética.
Você só é considerado ninja entre os Uchihas quando domina um katon, Itachi era tido como prodígio. O próprio Fugaku, quando kid Sasuke faz um belo de um Katon, tudo que ele diz é pra se espelhar no Itachi (deixando Sasuke até com raiva). As reservas de chakra de uma criança são muito menores do que quando ela vira adulta, e Itachi criança era Jounin e logo depois Líder da ANBU (que tinha ninjas como Kakashi na época).
Ou seja, Itachi tem um ótimo chakra, ao ponto de superar (em muito) o do irmão mesmo em estágio terminal de uma doença grave. Sem essa doença, ele seria um Uchiha com um chakra poderoso, dando seu corpo habilidoso e treinado (energia vital) e seu nível intelectual absurdo (energia espiritual).
Sendo assim, não há sequer espaço para fantasiar sobre baboseiras inexistentes no mangá como "nasceu com pouco chakra", "tinha a genética ruim, com um chakra naturalmente baixo". Tudo isso cai por terra automaticamente através dos fatos demonstrados acima.
Chakra nada mais é que Energia Vital + Energia Espiritual, coisas que o Itachi tem de sobra, especialmente a Energia Espiritual, que deve ser uma das maiores reservas de energia espiritual (intelecto, meditação) do mangá. Ele era praticamente um monge. E quanto a Energia Vital, todos sabemos o quanto Itachi tinha um corpo treinado e habilidoso pelo seu nível de velocidade (>Kakashi) e pelas suas demonstrações que impressionaram Orochimaru.
@HeisenbergDisse tudo. Se não fosse pelo controle de chakra, Itachi talvez mal conseguisse ativar o sharingan naquele estado terminal de uma doença grave, forçando sua vida através de drogas. Mas a doença não foi causada pelo MS.
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→ Juiz da 1ª, 2ª, 3ª, 4ª, 5ª, 6ª e 9ª Temporada de NarutoVERSUS
→ Campeão da 13ª temporada de JutsusVERSUS (Suna), Vice-campeão da 5ª temporada de JutsusVERSUS (Uchiha), Vice-campeão da 14ª temporada de JutsusVERSUS (Jinchuuriki)
→ Campeão da 3ª temporada de NarutoVERSUS (Samehada)