Não acho que seja um desfeito ser pego pela Kurotsuchi e pelo Chōjūrō, afinal, eles são Kages, então são ninjas poderosos. Por mais que eles não sejam explorados da maneira correta, já que são da antiga geração, eles são fortes. Não é um desfeito do Kinshiki ser derrotado pelos dois Kages, mas sim um grande feito do Chōjūrō e da Kurotsuchi por terem conseguido acompanhar o ritmo de combate de alguém que conseguiu fazer frente ao Sasuke em velocidade e que pressionou o Uchiha ao ponto dele fazer uso do seu Rinnegan. Sasuke provavelmente é o segundo Shinobi mais rápido do mundo ninja atualmente, atrás apenas do Naruto. É claro, desconsiderando o Amenotejikara, que não é velocidade, mas sim um Jikūkan Ninjutsu. Também estou considerando que o Rock Lee não saiba abrir o Shimon, já que ele nunca mostrou e provavelmente nem vai mostrar até o fim de Boruto.
Pelo que o mangá deu a entender, eles são alguns dos poucos Shinobis vivos que têm a capacidade de enfrentar um Ōtsutsuki. Gaara e Darui fizeram frente ao Momoshiki, Kurotsuchi e Chōjūrō fizeram frente ao Kinshiki e depois Naruto e Sasuke chegaram e fizeram frente ao Momoshiki transformado, porque querendo ou não, eles ainda são os Shinobis mais fortes do mundo, estão acima dos Kages. Em resumo, o que o mangá mostrou foi:
Gaara + Darui = Momoshiki (Forma Base);
Chōjūrō + Kurotsuchi = Kinshiki;
Naruto + Sasuke = Momoshiki (pós transformação).
Darui conseguia acompanhar o Momoshiki em velocidade, o mesmo Momoshiki que desviou tranquilamente de um golpe do Naruto na forma base:
Enquanto isso, Chōjūrō e Kurotsuchi conseguiam acompanhar o ritmo de combate do Kinshiki, o mesmo Kinshiki que fez frente ao Sasuke e conseguiu pressioná-lo ao ponto de fazê-lo usar o Rinnegan:
O problema é querer comparar o padrão das lutas do final de Naruto com as coisas que vieram após o fim do mangá. É óbvio que o Kishimoto se arrependeu de tornar alguns personagens extremamente apelões, não é a toa que logo em Naruto Gaiden ele já diminuiu drasticamente o nível do Naruto. Tirou as Gudōdamas, tirou a capacidade de voar, tirou o Kanchi nível dimensional, entre outras coisas. Por isso que atualmente alguns personagens conseguem acompanhar o ritmo de combate de oponentes que fazem frente ao Naruto ou Sasuke, porque todo o universo de Naruto sofreu um retcon, o power scaling está completamente diferente, por isso que é complicado comparar Naruto com Boruto.
Resumindo tudo, Kurotsuchi e Chōjūrō não são fracos, eles apenas não foram explorados da maneira correta. Não ainda. Eles pelo menos têm o feito de fazer frente a alguém que conseguia nivelar com o Sasuke em combate.
No mostrado, Kakuzu e Hidan são incapazes de fazer frente ao Kinshiki. Tomariam blitz e seriam derrotados pelo Ōdachinagi.