Você pode escolher a linha de raciocínio que quiser para explicar algo
1. Nagato não sabia da existência do jutsu
2. Nagato não conseguia usar o jutsu
3. Nagato não queria usar o jutsu
Ate onde eu sei, não vem um manual junto de nenhum doujutsu, se você não inventar a técnica com sua criatividade ou alguém lhe ensinar, você pode ter o potencial e jamais usar tal coisa, perceba que:
- Alguém disse /mostrou ao nagato o nome CHIBAKU TENSEI pois esse é o mesmo nome que o Rikudou usa, sendo assim fica a duvida de quem teria sido
- Alguém disse/mostrou ao kakashi o jeito de ativar o MANGEKYOU pois esse é o doujutsu que ele já possuía desde a adolescência e não usava pois não sabia como ativar
Do mesmo jeito que o kakashi tinha o Mangekyou a 10 anos e não usava, o nagato poderia ter as correntes do gedou, se o nagato tivesse visto alguém usando ou imaginado esse uso, ele poderia tentar fazer igual.
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Assim como você pode ir por outra linha de raciocínio, não é que ele não sabia, ele não soube aprender, pense no Sandaime raikage, ele passou o raiton negro para o Darui mas porque não passou para o Kira A ? Talvez existisse algo no Darui e Sandaime que não existia no Kira A, sendo assim, o terceiro raikage passou para o que seria o quinto raikage o raiton negro e não para o quarto, o mesmo pode ter ocorrido com o nagato, talvez ele apesar de ter o mesmo olho, não fosse capaz de usar o mesmo jutsu.
O Sasuke possui literalmente o mesmo olho do Itachi mas não era capaz de usar o Tsukuyomi, será então que algo influenciou o nagato negativamente ? Bom, ele apesar de ter o mesmo olho do madara e óbito, ele não era um uchiha, todos sabemos que uchihas estão do outro lado do espectro da família do rikudou, talvez espiritualmente falando o nagato fosse mais fraco, isso resultada em um chakra mais fraco e lembra de quem falou que nasceu com um chakra forte ?
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https://leitor.dattebane.com/Mangas/Naruto/663/08.pngVocê também pode ir por outras linhas alternativas se ele não ter aprendido ou não ter qualidade para usar não for o bastante, você pode dizer que ele não quis
Nagato mesmo sem precisar, usou o Super shinra tensei para destruir konoha, um segundo após o naruto apareceu e ele se viu obrigado a enfrentar um jinchuuriki user de senjutsu com vários aliados poderoso ao lado sem sua melhor arma, ele querer fazer algo ou não querer fazer algo talvez seja algo a se considerar nesse caso, assim como alguém dizem que o nagato pode usar o gedou manzou em batalha e usar o poder das bijuus como arma vide tobi invocando o gedou na guerra para enfrentar o chouji e chouza, nada impedia o nagato de invocar o gedou para enfrentar o gamabunta, ken e hiro mas ele preferiu não fazer, será que as correntes teriam sido uteis para o nagato ? Talvez nem tanto
O fato é que ele não usou
Agora o motivo dele não usar, você pode escolher qual quiser, não foi mostrado