@Rin_neEle não pode reagir porque o Obito passa pelas coisas. Tipo, não é uma questão de reflexos, ele não te surpreende pela velocidade, ele te surpreende por ficar tangível quando é conveniente, isso que faz dele um cara chato de se pegar. Pegue os ajudantes do Danzō. Eles tomaram um pau do Obito assim, o Uchiha tirou uma onda com a cara deles, fez o que quis.
Então, não é que o Nagato não possa reagir, ele simplesmente não tem como impedir que o Uchiha fique intangível. E pelo fator conhecimento + Izanagi, o Uchiha acaba ficando bem na frente.
Uma pena, porque Shinra Tensei poderia ser algo fatal, coisa que o mangá não deixou muito a entender não contra personagens relevantes.
Se o Obito vai com a intenção de pegar o Nagato como tentou pegar o Minato, o Uzumaki poderia usar o Shinra Tensei com muita potência, poderia ser fatal, mas como nunca matou ninguém interessante e o Uchiha ainda tem 50% do corpo feito com células do Shodaime e, mais uma vez, um Izanagi, daí fica ruim pro Nagato dar conta.