Acho que não. Em várias batalhas usuários com técnicas capazes de absorver chakra nunca tentaram absorver ninjutsu.
Exs: Hashirama vs Madara, Kisame usando a Samehada para cortar através de um Goukakyuu no jutsu invés de absorvê-lo, etc.
Então, na minha opinião: Não, jutsus de absorção de chakra não podem absorver ninjutsu, com a exceção sendo o Rinnegan de Momoshiki (que, se não me engano só foi visto absorvendo Ninjutsu, nunca absorvendo chakra de alguém "normalmente'', por assim dizer).