Qual a diferença na força física deles?
No mostrado, Kaguya destruiu um Tengu duas vezes e venceu Naruto numa troca de socos, agora não lembro qual foi o maior feito de força física do Madara.
Na velocidade?
Tirando o Amenominaka da Kaguya, não vi diferença.
Na regeneração?
Madara se recuperou do Yagai e de se partido ao meio, ainda se declarou imortal com a Shinju, Kaguya também se declarou imortal e deve ter a mesma capacidade de regeneração, é o poder dela que foi usado mesmo, creio que seja o mesmo nível ou ela seja superior.
No chakra?
Acredito que Kaguya, além de ser Ōtsutsuki de sangue puro, foi capaz de criar a Bōchō Gudōdama.
No potencial destrutivo?
Kaguya mostrou a Bōchō Gudōdama que pode obliterar dimensões aparentemente.
Por ser um shinobi, Madara leva vantagem no combate.