Acho que o ponto principal que lhe nerfou, foram tais pontos :
Gedō não foi devidamente usado, se ele houvesse mostrado técnicas de combate com o Gedō Mazō, provavelmente os membros considerariam ele mais poderoso do que já consideram, se ele houvesse mostrado a Mazō no Kusari que ele provavelmente detém, já que é uma técnica do Gedō onde todos os usuários do Rinnegan podem ter acesso e Nagato é o usuário mais experiente com Rinnegan do mangá de Naruto, provavelmente já seria o suficiente para considerarem o Uzumaki um Kage Super;
Pernas prejudicadas;
Mal uso de habilidades overpowered como Gentōshin, Kyōmen Shūja e como você disse, habilidades elementais devidamente poderosas
Seja honesto, se ele lutasse a sério sem enredo e as condições acima forem retiradas, tu não acha que ele chegaria a ser um Kage Super?
O Kage Bunshin seria realmente relevante, porém o Gentōshin também tem um potencial igualmente poderoso e nunca foi explorado no mangá, então se ele utilizasse tal jutsu em luta, acredito que teria um potencial superior ao do Kage Bunshin.
Concordo, isso certamente nerfou o Nagato, mas vai de cada um considerar o que ele poderia fazer sem essas fraquezas. O DB4 diz que Nagato pode usar o Gedou Mazou sem problemas... então não há um grande empecilho para considerar isso como parte do poder dele.
Foi imposta alguma limitação sobre isso? Se for de chakra, Tobirama é um descendente do Rikudō Sennin e Ōtsutsuki Ashura, dificilmente o Senju venha a ter algum problema com chakra, acho que essa é a única limitação que sequer foi dita, mas é óbvio, já que o jutsu utiliza de Chakura.
Sim, mas não é sobre chakra, é sobre o domínio da técnica mesmo. O Kabuto deve ser o único usuário do Edo Tensei capaz de invocar um exército, pelo menos até esse ponto aí.
Certas técnicas do Senju foram somente mostradas após tal citação, por mais que seja dentro de um curto timeskip de capítulos, não acho que por exemplo o Gojō Kibaku Fuda foi criado naquele momento da história, Tobirama foi cada vez mais hypado em Suiton, então acho que a ideia do autor era criar jutsus poderosos de Suiton, mas após isso, esqueceu essa história e lhe deu alguns Suitons fortes, mas não ao ponto que ele provavelmente queria deixar, e para compensar lhe deu uma poderosa técnica destruidora; por esse motivo, está mais para um "Retcon" do que o contrário;
Vamos recapitular...
Cap. 481: Tobirama era considerado superior ao Hiruzen "Prime"; e foi morto pela Força Kinkaku (até aqui, não sabemos nada sobre essa tal de "Força Kinkaku").
Cap. 489: Tobirama inventou o Edo Tensei, que era inferior ao do Orochimaru (+2 meses);
Cap. 502: Tobirama é usuário de um Jikūkan, mas inferior ao Kamui, possivelmente o Hiraishin (+4 meses);
Convenhamos, o arsenal do Tobirama já estava praticamente pronto até aqui, só faltava o GKF (Cap. 561) e ainda não sabíamos nada sobre a tal "Força Kinkaku" que foi responsável pela sua morte. Isso só foi acontecer lá pro começo da Quarta Guerra, com eles sendo explorados a partir do Cap. 525, uns 6 meses depois da último upgrade que o Tobirama recebeu e praticamente um ano inteiro após ter sido revelado que eles foram os responsáveis pela morte do Nidaime. Isto é, Kishimoto teve um ano inteiro para pensar sobre "Kin e Gin vs. um Tobirama mais forte que Hiruzen 'Prime', usuário de Edo Tensei e Jikūkan de alto nível - possivelmente Hiraishin - além do Suiton" e decidiu que os responsáveis pela sua morte seriam esses caras...
Cap. 525: Kin e Gin aparecem pela primeira vez, descobrimos que eles possuem chakra da Kyuubi e são muito temidos em Kumo.
Cap. 526: Kin e Gin conhecem o Edo Tensei e afirmam ser responsáveis pela morte do Tobirama.
Cap. 527: Kin e Gin usam armas do Rikudou Sennin, novamente, é ressaltado que eles enfrentaram o Tobirama, desta vez em uma ocasião diferente, e embora não saibamos em que estado eles ficaram, o Hokage ficou à beira da morte.
E por aí vai, até o capítulo em que Kinkaku é derrotado, o Kishimoto só vai jogando hype em cima dos irmãos... "derrotaram um Tobirama, usuário de Suiton, Edo Tensei, Jikukan, superior ao Hiruzen Prime", "derrotam o Nidaime Raikage", "são Jinchuurikis da Kyuubi - os mais fortes", "tem Tesouros do Rikudou", "são descendentes do Rikudou Sennin"... e os feitos, precisa de um batalhão inteiro só pra derrotar o Kinkaku, quebra o Kagemane do Shikamaru (quem mais fez isso? Naruto KM1), o único jeito de derrotar ele é selando...
O mangá sempre tratou Kinkaku e Ginkaku como extremamente poderosos, de forma que nem mesmo um Tobirama usuário de Edo Tensei e Hiraishin era páreo pra eles. E se parar pra analisar direito, eles foram derrotados por pura sorte. Os fãs que gostam de tirar uma com a cara deles porque perderam pro Darui (+um batalhão de ninjas). Daí sentem vergonha quando alguém diz que Kinkaku e Ginkaku derrotaram o Tobirama. No DB4, Kishimoto vai ainda mais além, colocando os irmãos como superiores aos 5 Kages... isto é, por Power Scalling, só seriam superados por ninjas nível Naruto KM2, Obito Rinnegan, Madara EMS, Hashirama...
Acredito que quando Kin e Gin apareceram, o nível do Tobirama já havia sido bem estabelecido na obra, só faltava mostrar. No Cap. 561, o Nidaime acaba por receber seu último upgrade relevante, o GKF... não no mostrado, mas pelas palavras de Madara sobre o Edo Tensei ter sido criado para varrer multidões, a partir daí já sabemos que o Tobirama tinha uma técnica de abrangência enorme, tal como os meteoros invocados pelo Madara.
Eu não acho que o Tobirama foi o divisor de águas de Power Scalling dessa parte da obra, esse foi o papel de Hashirama/Madara. Tobirama simplesmente foi upado para não ficar ultrapassado, visto que só contava com feitos e menções do Clássico e do início do Shippūden. É diferente de Hashirama e Madara, que embora tivessem feito, quem esperaria um Susanoo titânico que destrói montanhas com o desembainhar de espadas ou Mokuton com florestas até onde os olhos conseguem enxergar?
Sobre "mas não sabemos como foi a luta"... se isso fosse relevante, o autor obviamente colocaria algum fator determinante para a vitória de um dos lados, como em Kaguya x Isshiki, Nagato x Itachi, Bee e Naruto, etc. Quando não é, não coloca nada. O Kishimoto sempre sugeriu que Kinkaku e Ginkaku eram superiores ao Tobirama usuário de Edo Tensei e Jikūkan, teve tempo o suficiente para voltar atrás, mas não o fez, pelo contrário... inicialmente, Tobirama havia sido derrotado em um 20x1, depois, apenas Kinkaku e Ginkaku receberam crédito sobre o fato de Tobirama ter ficado à beira da morte enfrentando eles num 2x2.