Ao meu ver, seria um combate bem parecido com "Minato x Yondaime Raikage", isto é, o Hokage conseguiria superar a velocidade máxima do Naruto sem muitos problemas e, ao mesmo tempo, aplicar um contra ataque efetivo. As principais diferenças entre Naruto e o Yondaime Raikage são:
1. Força Física: O Naruto é forte, mas não parece estar no mesmo nível do Yondaime Raikage, não sei se um golpe dele conseguiria finalizar o Minato, mesmo que conseguisse acertar.
2. Inteligência: O Raikage era inteligente o suficiente para observar os locais onde Minato lançou as kunais para contra-atacá-lo quando se aproximasse, Naruto sempre foi um pouco lento, mesmo quando tinha conhecimento sobre as habilidades dos seus adversários (vide ele enfrentando o Nagato).
3. Quantidade: Em compensação as duas desvantagens em relação ao Yondaime Raikage, Naruto pode aumentar suas chances com uma quantidade superior. O problema é que isso é um grande risco pra ele, pois quanto mais clones ele fizer, mais rápido a Kyuubi devora o chakra dele. Além disso, Minato também possui a técnica.
4. Velocidade: Naruto se mostrou um pouco mais rápido, mas não é por muito, então não faz diferença, especialmente com conhecimento total.
Os dois podem usar qualquer sapo do Myoubokuzan, então se anulam na maioria dos casos. Em todo caso, Minato leva a vantagem aqui, pois ele pode usar o Hiraishin para ataques colaborativos com os sapos, além de ser capaz de cancelar o contrato do Naruto com um único toque, assim como fez para separar Obito da Kyuubi. Naruto tem vantagem em variações do Rasengan, com Rasenshuriken, Oodama Rasenshuriken, etc. Mas não acho que isso seria problemático para um usuário de Hiraishin, a técnica poderia ser até redirecionada para o próprio Naruto ou enviada para qualquer lugar se usada à longa distância, via Hiraishin Dorai.
Até aqui, é um combate equilibrado, com leves vantagens para o Minato, pela sua inteligência completamente superior somada ao Hiraishin e pelo Modo Kurama ser perigoso para o próprio Naruto nesta versão, o que pesaria em combate prolongado, nem o Yondaime Raikage fica usando sua velocidade máxima o tempo inteiro e se o Naruto já teria dificuldades para pegar o Minato usando sua velocidade máxima, imagine sem fazer isso. Porém, o que abre uma diferença realmente relevante entre eles é que o Minato é praticamente counter de Jinchuurikis através dos Fuuinjutsus, o cara trancou 8 caudas da Kyuubi como se fosse nada quando Naruto enlouqueceu contra o Pain, então deve ser capaz de fazer o mesmo aqui, não acho que seria muito diferente do que o Orochimaru fez lá no Clássico, contra o próprio Naruto, trancando o chakra da Kyuubi.