Minato venceria mesmo sem conhecimento.
Genjutsus são inúteis contra o Minato, não é à toa que o Obito sequer tentou usar contra ele. Vale ressaltar que nessa época o Obito já tinha um Genjutsu poderoso o suficiente para deixar um Jinchūriki Perfeito (Yagura) sob efeito da técnica. Por qual motivo Genjutsus são inúteis contra o Minato? Porque ele dominou o Sennin Mōdo, mesmo que não possa manter por muito tempo, ainda dominou. E como nós sabemos, para dominar essa técnica o usuário precisa ter um controle de Chakra quase perfeito, e o Yondaime Hokage não fica de fora disso. É claro que Genjutsus mais poderosos, como é o caso do Tsukuyomi, não podem ser parados apenas com um bom controle de Chakra, porém esses Genjutsus mais podersos exigem maior concentração de Chakra, ou seja, levam um tempo maior para serem aplicados. Nesse tempo, Minato sente o acúmulo de Chakra no olho do oponente pelo fato de ser um usuário de Sensor e pode tomar os cuidados necessários para evitar um Genjutsu desse porte, como exemplo, fechar os olhos ou usar Kage Bunshins para se aproximar do Itachi.
Usar o Amaterasu pra apagar as marcações é burrice, Itachi vai gastar Chakra pra caramba com isso (sendo que já não possui uma estamina das grandes) sendo que o Minato já vai estar com o campo cheio de Kunais, e caso o Uchiha opte por queimá-las com as chamas do Amaterasu, o Yondaime Hokage pode simplesmente lançar outras Kunais ou deixar marcações em outros locais. Note a quantidade de Kunais que ele espalha pelo campo:
Em todo local têm Kunais, o que exigiria um gasto de Chakra bem grande por parte do Itachi pra conseguir queimar todas elas, sendo que o Minato não precisa necessariamente teleportar através de Kunais, ele pode deixar marcações no solo ou simplesmente lançar mais Kunais em locais que já não estão queimando com as chamas do Amaterasu, fazendo com que o gasto de Chakra do Uchiha tenha sido em vão.
Além das duas técnicas mais poderosas do Itachi (Amaterasu e Tsukuyomi) serem inúteis contra o Minato, os outros Ninjutsus dele também seriam completamente inúteis diante do Yondaime. Desde os Suitons (Suidan, Suigadan e Suiryūdan), até os Katons (Hōsenka, Hōsenka Tsumabeni e Gōkakyū) podem ser tranquilamente evitados pelo próprio Shunshin do Minato, além dele também contar com Hiraishin para teleportar pra fora do alcance do Jutsu e com Dōrai para redirecionar as técnicas para outras marcações. Caso o Itachi use Kage Bunshins ou Karasu Bunshins para tentar ter vantagem numérica, Minato pode responder com Kage Bunshins para igualar a quantidade com o Itachi e até mesmo superar pelo fato de possuir maior estamina. Por fim, sobraria o Susano'o, que o Minato realmente não pode destruir, porém ele tem métodos de passar pela defesa do humanoide. Ele pode deixar marcações no solo e fazer com que o Itachi fique sobre a marcação, como uma estratégia para teleportar pra dentro do Susano'o. Além disso, ele também pode marcar o próprio Itachi ou simplesmente forçar o Uchiha a usar Susano'o até não aguentar mais manter o humanoide de pé, já que ele não pode manter por muito tempo.
Vocês falam que o Minato perde com conhecimento nulo, mas o conhecimento nulo só favorece o Yondaime, já que o Itachi vai ser marcado sem sequer saber que foi.
Minato é favorito com ou sem conhecimento. Nesse caso, com conhecimento, diria que as chances de vitória dele são de 8/10.