Se, por acaso, o Jiraiya soubesse que enfrentaria um usuário do Amaterasu, eu acho que ele poderia gravar esse Fuuinjutsu no próprio corpo, ao invés de em um pergaminho, seja na palma da mão ou no meio do peito. Daí, quando o Itachi ou o Sasuke, ou qualquer usuário da técnica que ele estivesse enfrentando, ele já estaria preparado e, quando fosse atingido, tudo que precisaria fazer seriam os selos manuais para sugar as chamas negras, provavelmente gastando muito menos chakra pra isso do que seus usuários para ativar a técnica. Dessa forma, o Jiraiya poderia lidar com o Amaterasu com uma grande facilidade e seria um método bem coerente, inclusive. Não é muito diferente do Jigen usando o Karma, por exemplo. Mesmo um Sasuke bem menos experiente deu um jeito de lidar com o Amaterasu quando tinha conhecimento e preparo, além do Esquadrão de Oito Homens, que certamente estavam preparados para lidar com isso, com o Kamui do Kakashi, talvez.
Porém, em um combate sem conhecimento e sem preparo, é extremamente improvável que o Jiraiya vá pensar em fazer algo assim. No Modo Sennin, ele é bem rápido, então até seria possível especular que ele poderia se esquivar do primeiro tiro, tal como o Sasuke se livrou. Em sua forma normal, não tem muito o que fazer.